او پس از اعتراضات سال ۱۴۰۱ مواضعی علیه نظام جمهوری اسلامی و در دفاع از معترضان گرفت که بخاطر آنها در شعبه دوم دادگاه ویژه روحانیت با

او پس از اعتراضات سال ۱۴۰۱ مواضعی علیه نظام جمهوری اسلامی و در دفاع از معترضان گرفت که بخاطر آنها در شعبه دوم دادگاه ویژه روحانیت با اتهامات «نشر اکاذیب علیه مسئولان نظام»، «اجتماع و تبانی علیه امنیت ملی» و «اغوا و تشویق مردم به اغتشاشات» محاکمه شد. او به ۱۱ سال حبس محکوم شد که پنج سال آن قابل اجرا بود. منبع مطلع به بی‌بی‌سی گفت: «او همچنین به دو سال تبعید به کرمان محکوم شده بود که به دلیل شرایط جسمانی نتوانستند او را به زندان کرمان منتقل کنند.» آقای زارع فومنی در سخنرانی ۳۰ دی ۱۴۰۰ در سالن کنفرانس وزارت کشور گفته بود: «باید اروپا را کنار بزنیم و مستقیم با آمریکا مذاکره کنیم. بایدن برگ برنده است و باید در این دوره توافق کنیم. ترامپ برگردد، بلایی به سر کشورمان خواهد آورد که خواهیم دید چه خواهد شد.» آقای فومنی، که مدیرمسئول روزنامه صبح صدای اصلاحات بود، مهرماه سال ۱۴۰۱ زندانی شد. او اوایل شهریور ۱۴۰۱ هم برای پرونده مربوط به مطالب روزنامه دستگیر شد و با قید وثیقه آزاد بود. محمد زارع فومنی پیش از رفتن به زندان، در ویدیویی از سلامت خود خبر داده بود و گفته بود که هیچ مشکل جسمی ندارد و خودکشی نخواهد کرد. او تاکید کرد: «هر اتفاقی برایم بیفتد، مطمئن باشید خود نیروهای امنیتی این کار را کرده‌اند.» مراسم تشییع پیکر آقای فومنی قرار است فردا، ۱۰ تیر، در مسجد روستای گشت شهرستان فومن در استان گیلا